Jego ojciec Hizashi Hyūga urodził się kilka sekund później od swojego brata Hiashi'ego, dlatego też został przydzielony do bocznej gałęzi klanu Hyūga. Podobnie Neji w wieku czterech lat został, naznaczony pieczęcią tak, aby główna rodzina mogła by go ukarać uczuciem cierpienia za jakiekolwiek nieposłuszeństwo. Jego zadaniem była ochrona sekretu Byakugana oraz młodszej o rok kuzynki Hinaty - spadkobierczyni głównej rodziny. Pewnej nocy, kiedy ninja z Kraju Błyskawicy próbował porwać Hinatę, jej ojciec Hiashi zabił go ratując córkę. Aby uniknąć wojny Hokage zawarł z Raikage układ, który polegał na tym, że Hiashi zostanie stracony. Ojciec Nejiego zaofiarował się, aby zamiast jego brata zginął on sam, jednak Neji o tym nie wiedział. Znienawidził "główny trzon" swojego klanu, myśląc, że stracił ojca, bo ten został do tego zmuszony.

Jego największym atutem jest byakugan – białe oczy – potrafiące dostrzec układ witalny (przepływ czakry) i blokować jego tenketsu (ujścia czakry wielkości łepka od szpilki na ciele) przeciwnika. Należy do drużyny Gaia wraz z Rockiem Lee i Tenten. Pierwotnie wyznaje on zasadę, że wszystko zależy od przeznaczenia, a cel egzystencji człowieka jest jasny od momentu jego narodzin. Zmienia swoje spojrzenie na świat po przegranej walce z Naruto Uzumakim podczas trzeciej tury turnieju, którego uważał za gorszego od siebie - przestaje traktować wszystkich z góry, lecz nadal pozostaje skryty.

Zostaje wybrany do drużyny Shikamaru w celu ratowania Sasuke, w czasie wykonywania misji zmierzył się z członkiem Sound Four - Kidomaru, którego pokonuje.
W Naruto Shippūden Neji nadal pozostaje członkiem drużyny Gaia. Udało mu się awansować na jōnina. Bierze udział w misji ratowania Gaary z rąk Akatsuki. Podczas misji walczy razem z Gaiem, Tenten i Lee przeciwko członkowi Akatsuki Hoshigaki Kisame, którego pokonują.